Ci sono 3 campagne separate in Supreme Commander, una per ogni fazione, UEF, Cybran e Aeon. Ciascuna delle campagne ha 6 missioni, per un totale di 18. Ogni serie di missioni rappresenterà il punto di vista e il coinvolgimento di detta fazione nella Guerra Infinita che consuma l'universo nel gioco.
Alcune note chiave sulla gestione degli obiettivi:
- I tuoi obiettivi attuali appariranno nell'angolo in alto a sinistra dello schermo, di fronte all'elenco dei tuoi gruppi e ACU nell'angolo in alto a destra.
- Il clic sinistro su un obiettivo centra la mappa su quell'obiettivo.
- Facendo clic con il pulsante destro del mouse su un obiettivo, il gioco viene interrotto e viene visualizzata una schermata che spiega tale obiettivo.
- Premendo F1 il gioco viene messo in pausa e viene visualizzato un elenco di obiettivi.
Nota: Le procedure dettagliate video vengono eseguite Difficile e fornire la panoramica più dettagliata di questa impostazione di difficoltà.
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