V Supreme Commander jsou 3 samostatné kampaně, jedna pro každou frakci, UEF, Cybran a Aeon. Každá z kampaní má 6 misí, což je celkem 18. Každá série misí bude zobrazovat hledisko a zapojení uvedené frakce do Nekonečné války, která ve hře pohltí vesmír.
Několik klíčových poznámek ke správě cílů:
- Vaše aktuální cíle se objeví v levém horním rohu obrazovky naproti seznamu vašich skupin a ACU v pravém horním rohu.
- Kliknutí levým tlačítkem na cíl vycentruje mapu na tento cíl.
- Kliknutím pravým tlačítkem na cíl pozastavíte hru a přejdete na obrazovku, která tento cíl vysvětlí.
- Stisknutím klávesy F1 se hra pozastaví a zobrazí se seznam cílů.
Poznámka: Video návody jsou prováděny na Tvrdý a poskytnout nejpodrobnější přehled tohoto nastavení obtížnosti.