Hay 3 campañas independientes en Supreme Commander, una para cada facción, UEF, Cybran y Aeon. Cada una de las campañas tiene 6 misiones, haciendo un total de 18. Cada serie de misiones retratará el punto de vista y la participación de dicha facción en la Guerra Infinita que consume el universo en el juego.
Algunas notas clave sobre la gestión de objetivos:
- Sus objetivos actuales aparecerán en la esquina superior izquierda de la pantalla, frente a la lista de sus grupos y ACU en la esquina superior derecha.
- Al hacer clic con el botón izquierdo en un objetivo, el mapa se centra en ese objetivo.
- Al hacer clic con el botón derecho en un objetivo, se detiene el juego y se accede a una pantalla que explica ese objetivo.
- Al presionar F1, el juego se detiene y aparece una lista de objetivos.
Nota: Los tutoriales en video se realizan en Difícil y proporcionar la descripción general más detallada de esta configuración de dificultad.